Al exportar lo que obtienes es lo siguiente:
1. Un fichero html: index.html
2. Una carpeta con los recursos: resources
3. Una carpeta con el runtime: src
En las versiones iniciales del exportador en lugar del index.html se podía poner nombre.html, siendo nombre uno que escogieras tu mismo o el nombre de la aplicación (ahora no recuerdo). Desde una determinada actualización, se guardaba el fichero html con el nombre "index". Si este es tu caso, tan sólo tienes que actualizar tus programas.
Si actualizas el CF2.5, los exportadores también se actualizan.
Descárgate la actualización desde la página de Clickteam. Última versión: 285.1