Bienvenido Tekon!
Antes que nada te recomiendo que leas el mensaje de bienvenida que tienes en la sección "mensajería" y sigas esos consejos para empezar.
Ahora, respondiendo a tus preguntas:
¿Se necesita saber algún lenguaje de programación?
No, para manejar el programa no es necesario saber ningún lenguaje de programación, aunque aveces puedes "complementar" la programación de tus aplicaciones usando otros lenguajes mediante algunas extensiones, pero repito, "no es necesario".
¿Por donde empiezo?
Podes empezar por el link que te dejó elpupas7 más arriba y luego ir visitando las secciones de tutoriales en el foro y la lista de tutoriales (podes acceder a ella atraves del menu que aparece al costado izquierdo de la pantalla en la portada de la web).
¿Mis proyectos los podría subir a internet como si fuera un juego flash?
Si, incluso podes subirlos a Internet en formato flash (.swf), pero para eso debes tener el modulo de exportación para flash.
¿Que diferencia hay entre MF2, MF2 devolper y The games factory 2?
Eso podes verlo visitando este link: http://www.clickteam.com/website/usa/product-comparisons.html
Pero te lo resumo, MMF 2 Developer es el más potente de todos, porque trae más opciones, extensiones y demás, así que es la mejor opción, luego le sigue MMF 2 y por último TGF 2.